Pracuje ako zástupca prednostky Detskej kliniky (DK) Národného ústavu detských chorôb (NÚDCH) v Bratislave. Špecializuje sa v oblasti alergológia a klinická imunológia. Je vedúcim Centra pre vrodené poruchy imunity pri NÚDCH a garantom odboru Klinická imunológia a alergológia na Lekárskej fakulte Univerzity Komenského v Bratislave.
V posledných rokoch sa venuje predovšetkým vrodeným poruchám imunity. Úzko spolupracuje s medzinárodnými pracoviskami v rámci celosvetovej siete nadácie Jeffrey Modella. V posledných rokoch je aktívnym zástancom zavedenia celoplošného novorodeneckého skríningu ťažkých kombinovaných imunodeficiencií. Je spoluriešiteľom grantu so zameraním na širšie využitie molekulárno-genetických metód pri diagnostike vrodených porúch imunity.
Je členom viacerých odborných spoločností ako Európskej spoločnosti pre imunodeficiencie, Európskej akadémie alergie a klinickej imunológie a čestným členom Českej spoločnosti pre alergiu a klinickú imunológiu. Na Slovensku je členom výboru Slovenskej spoločnosti pre alergiu a klinickú imunológiu. Publikuje v domácich a medzinárodných impaktovaných časopisoch. Je členom redakčnej rady časopisu Pediatria pre Prax a Central Journal of Immunology.
Vo svojej práci doc. MUDR. Peter Čižnár, CSc. získaval skúsenosti aj na zahraničných pracoviskách. .Absolvoval študijné pobyty na Detskej klinike vo Viedni a v Centrách pre kontrolu chorôb (CDC) v Atlante, USA. Habilitoval na docenta v odbore pediatria na LFUK v roku 2009 s témou Vývoj alergie u detí.